1988年11月17日，经中国国务院批准，撤销邓县，设立邓州市（县级），暂时由南阳代管。2004年省政府批准邓州市享有全部省辖市经济及社会管理权限，为经济单列市。
2011年被省政府确定为全省十个试点县市之一。
2014年1月1日由河南省直接管辖。
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