昆山华藏寺,由位于昆山马鞍山原慧聚寺子院演变而来。慧聚寺,建于梁代天监十年(公元511年)。吴兴沙门慧向为该寺之开山。慧向,为梁武帝萧衍之师。梁武帝赐铁香炉、丝绣佛像,又赐田二顷、山一座、木千枝。
慧向初来昆山时,因放锡禅坐于马鞍山胁石室,以二虎为侍,思欲立精舍而不能。相传当夜,风雨暴作,林木怒号,朴斫之声闻于远近,人皆怪之。翌日,黎明时刻,殿基成,台阶基石砌就,是山神之助。初建时,有大殿、小殿。至唐武宗会昌间(公元841—846年),诏毁天下佛宇,慧聚寺亦遭其难。
北宋宣和间(公元1119—1125年),由信法师将马鞍山东北麓之慧聚寺子院改建为十方贤者讲寺,并易名为 “华藏讲寺”。南宋淳祐戊申之秋(公元1248年)由僧良拱复建大佛阁,名为“神运大雄氏殿”。明洪武十三年(公元1380年),僧大雅将“华藏讲寺”从马鞍山北麓移建于西山之巅。明万历二十二年(公元1594年)僧寂默重建山门和天王殿。
在山顶有一凌霄塔,又名至尊多宝塔,一说由慧向建于梁天监十年(公元511年) ,一说建于唐代。元大德三年(公元1299年),僧延福、希范重建该塔。明万历三十二年(公元1604年),僧寂默重修凌霄塔成七层。
清康熙四十四年(公元1705年)春,康熙皇帝巡幸马鞍山,并登文笔峰,作诗留题。知县将其址改建为“皇亭”,右为圆聚山房,转西为三官殿,称小云台,又有真武殿居文笔峰巅,旁为地藏殿,其侧为文星殿,其前为春风亭。百里楼前左偏为含秀山房,中有半隐藏楼,其东为圆静庵,后改葺为观音殿,其西为问龙阁,其景美不可胜。
清咸丰十年(公元1860年),除凌霄塔外,均毁于兵。
民国二十三年(公元 1934年),邑人重修凌霄塔,不料修至第七层时,“八一三”事变爆发,后塔遭日机轰炸,塔受损。民国二十六年(公元1937年),日侵华,山寺被炸,山被日军所占。胜利后僧人搭建平房三间,一直维持到1949年解放。